Cabe ao médico coordenador o gerenciamento da saúde e sua principal atividade é elaborar o planejamento e monitorar a saúde dos trabalhadores, para evitar o desencadeamento e agravo da saúde. O relatório anual do PCMSO traz sugestão e medidas de controle para mitigar o surgimento de novas doenças relacionadas com o trabalho. Existe ainda, dentro dos requisitos do PCMSO a notificação compulsória de doenças do trabalho e o CAT. Quando essas não forem cumpridas a empresa poderá sofrer sanções administrativas e jurídicas. Outro ponto importante da gestão do PCMSO, diz respeito a cota de vagas das pessoas com deficiência (redução da capacidade física e mental).